Con la expedición del Acuerdo 20 de 1990 "Por el cual se organiza el sistema Distrital de Salud de Bogotá", en donde asigna a la Secretaria como organismo único de Dirección del Sistema Distrital de Salud, para efectuar la coordinación, integración, asesoría, vigilancia y control de los aspectos técnicos, científicos, administrativos y financieros de la salud, logrando la integración del Servicio Seccional de Salud y la Secretaria de Salud, en la nueva Secretaría Distrital de Salud.

En el Distrito Capital, la Secretaria de Salud como parte integral de la administración y bastión del sistema local de salud, es la encargada de dirigir y conducir la salud territorial, conforme a lo establecido en el Decreto 812 del 30 de diciembre de 1996, con el cual se modificó la estructura y establecieron los objetivos de las dependencias. La SDS cuenta con tres áreas misionales básicamente: Dirección de Salud Pública, Dirección de Desarrollo de Servicios y Dirección de Aseguramiento. Adicionalmente a la Secretaria Distrital de Salud se encuentran adscritos la Caja de Previsión Social (entidad que se encuentra en liquidación) y las empresas sociales del estado (E.S.E.).

El acuerdo 17 de 1997, transforma los establecimientos públicos Distritales prestadores de servicios de salud en Empresas Sociales del Estado (ESE), entendidas como una categoría especial de entidades públicas descentralizadas adscritas a la Secretaría Distrital de Salud y cuyo objeto es adelantar acciones y servicios de promoción, prevención, tratamiento y rehabilitación de la salud, dirigidos prioritariamente a la población pobre o vulnerable, independientemente de si se encuentra o no afiliada al régimen subsidiado de seguridad social.

Para la vigencia de 2000 se presupuestó un definitivo de $13.187.6 millones, siendo ejecutado en el 97.2%, dirigidos únicamente a Gastos de Funcionamiento en los rubros de Servicios Personales $9.959.0 millones y Aportes Patronales $3.228.6 millones, recursos girados en su totalidad.

Los recursos de la Secretaría de Salud son manejados a través de la Secretaria de Hacienda por lo tanto no presenta presupuesto de ingresos.

En el transcurso de la vigencia el presupuesto registro el siguiente comportamiento:

La Secretaría presentó un presupuesto inicial para gastos de funcionamiento por $12.298.0 millones, cifra que fue adicionada en el transcurso de la vigencia en $1.150.0 millones, determinando un presupuesto definitivo de $13.448.0 millones, significándole un incremento del 9.3% y frente al reportado en el año anterior registra un incremento del 2.0%, influenciado básicamente por el incremento en los servicios personales.

Los Gastos de Funcionamiento fueron distribuidos en los rubros de: Servicios Personales y Aportes Patronales.

Para este rubro se destinaron $10.873.5 millones equivalentes al 80.9% del presupuesto total ya que son las apropiaciones necesarias para el normal desarrollo de las actividades administrativas, técnicas y operativas, ejecutándose el 100%.

Al interior de los Servicios Personales los rubros más representativos son Sueldos Personal de Nómina $4.923.2 millones, incrementado en el 16.4% ($808.3 millones), para un definitivo de $5.731.6 millones, participando del 52.7% de lo destinado al rubro, ejecutándose en su totalidad; Prima Técnica $1.595.5 millones, participa en el 27.8% del presupuesto; Prima Semestral $905.4 millones, participa con el 15.8% y Prima de Navidad $794.2 millones con una participación de 13.8%,siendo estos ítems los de mayor incidencia en el total erogado.

Los aportes patronales apropiaron la diferencia, 19.1% ($2.574.4 millones), reflejando una ejecución del 99.8%, siendo el ítem de Pensiones y Seguridad Social el que absorbe el 51.8% ($1.334.5 millones),de estos aportes.

Fuente: Ejecuciones Presupuestales

Al comparar las cifras presupuestadas para gastos de funcionamiento durante las vigencias 2000 – 2001, se observa una disminución del 5.3%, originada primordialmente por la reducción en el rubro de Aportes Patronales ( 25.9%), en el ítem CESANTIAS FONDOS.

Lo anterior teniendo en cuenta que al rubro de presupuesto para cesantías FONDOS para la vigencia 2001 le fue asignado un presupuesto inicial de $416.9 millones, el cual fue modificado en forma negativa en la suma de $340.3 millones para un definitivo de $76.6 millones, por lo que la Administración se vio obligada a disponer del presupuesto aprobado para la vigencia de 2002 en la suma de $476.1 millones, para cancelar las cesantías de 2001 con sus respectivos intereses.

Al término de la vigencia la Secretaría de Salud registró un presupuesto definitivo de $13.448.0 millones, correspondientes en su totalidad a los Gastos de Funcionamiento de la entidad con un cumplimiento del 100%.

El total del presupuesto esta conformado por los gastos de funcionamiento $13.448.0 millones, distribuido en los rubros de Servicios Personales el 80.9% ($10.873.5 millones) y Aportes Patronales el 19.1% ($2.574.4 millones).

El comportamiento presupuestal a precios de 2001 de la Secretaría de Salud, para el análisis de los últimos cinco años se divide en dos: durante las dos primeras vigencias se observa que la entidad manejaba administrativamente sin situación de fondos el rubro de inversión, toda vez que el ente encargado de su ejecución era el Fondo Financiero, de ahí que a partir de 1998 se suspende el manejo de estos recursos a través de la Secretaria de Salud, evitando la doble contabilización que se realizaba entre estas entidades en vigencias anteriores, los cuales son transferidos directamente al Fondo Financiero.

Fuente: Ejecuciones Presupuestales